Analyserer 900 000 genmarkører fra laks samtidig

Prøver fra AquaGens stamfisk blir analysert på dette brettet som inneholder såkalte mikromatriser. Hver av de 96 mikromatrisene har plass til over 900 000 genmarkører. Dermed kan 96 fisk analyseres for mer enn 900 000 genmarkører på en og samme tid.

AquaGen har i samarbeid med CIGENE og Affymetrix utviklet og tatt i bruk et nytt verktøy som analyserer mer enn 900 000 genmarkører per prøve fra laks. Dette er verdens største genmarkørsett for fisk og er et stort sprang fra det tidligere brukte settet på 6000 genmarkører.

Forbedrer sykdomsresistens og robusthet

Det nye settet vil i første omgang benyttes til å lete etter nye gen eller genmarkører som er assosiert med viktige egenskaper hos laks. Økt motstand mot sykdommer og parasitter er sentralt; CMS, lakselus og Amoebic Gill Disease (AGD) har høyeste prioritet fremover. Det nye genmarkørsettet muliggjør også såkalt genomisk seleksjon som er en videreutvikling og optimalisering av markør-assisterte seleksjon som i dag benyttes for PD og IPN.

«Vi er glade for å ha fått utviklet dette banebrytende genmarkørsettet for laks på så kort tid,» sier Nina Santi, Forsknings- og utviklingssjef i AquaGen. «AquaGen er alltid på jakt etter ny teknologi som kan møte den økende etterspørselen etter en kostnadseffektiv og bærekraftig produksjon av sjømat.

Dette høyoppløselige genmarkørsettet gir oss helt nye muligheter for å forbedre sykdomsresistens og kvalitet hos oppdrettslaksen. Spesielt er vi begeistret for utsiktene til å gjennomføre såkalt genomisk seleksjon i vårt avlsprogram. Markørsettet vil også gjøre det lettere å identifisere genetiske varianter som ligger til grunn for komplekse egenskaper, som for eksempel vekst og fôrutnyttelse og samtidig bidra sterkt til økt forståelsen av laksens biologi.»

Økt presisjon og hastighet ved genotyping

«Utvikling av genmarkørsett og automatisert genotyping i Atlantisk laks kompliseres av at laksens genom delvis består av fire kromosomsett i stedet for to som vi finner hos menneske,» sier Sigbjørn Lien, professor ved Universitetet for miljø og biovitenskap (UMB) og Centre for Integrative Genetics (CIGENE). «Den gode støtten og kompetansen fra Affymetrix ‘team av forskere innenfor bioinformatikk hjalp mye til å takle disse hindringene.»

«Vi er svært glade for å samarbeide med AquaGen og CIGENE og tilby dem vår ekspertise innen automatisert genotyping ved hjelp av Axiom® Genotyping Solution», sier Andy Sist, Visepresident for forretningsenheten Genetisk Analyse og Kliniske Applikasjoner ved Affymetrix.

Axiom® Genotyping Solution er den eneste plattformen som gir avlsselskaper og forskere et kraftig verktøy for genotyping og analyse, samt for kostnadseffektiv identifisering og validering av komplekse genetiske egenskaper. Ved hjelp av Axiom® Genotyping Solution-plattformen kan de vitenskapelige resultatene raskt videreutvikles og kommersialiseres.